Церковь Покрова Божией Матери в селе Покровское-Засекино построена в 1593 г. на вотчинной земле князей Шуйских. С 1638 по 1678 г.г. церковь была уничтожена и церковная земля отдавалась на оброк. В 1678 г. окольничий И. А. Прончищев построил церковь Покрова Божией Матери в селе Покровское.
В 1690 г. село Покровское продано князю М. Ф. Жировому-Засекину. В 1715 г. владельцами села были сыновья М. Ф. Жирового-Засекина, а с 1757 по 1762 г.г. его внук – Ф. Н. Жировой-Засекин, от которых село Покровское получило название Покровское-Засекино. В августе 1770 г. церковь с приделом святителя Николая Чудотворца в этом селе сгорела от удара молнии, а церковная утварь была спасена священником. В 1773 г. вместо сгоревшей, князь Мещерский (племянник Ф. Н. Жирового-Засекина) построил новую деревянную церковь и, по указу Московской Духовной Консистории, она была освящена прежним названием – церковь Покрова Божией Матери с приделом святителя Николая Чудотворца.
Следующая, но уже кирпичная церковь Покрова Божией Матери с приделами святителя Николая Чудотворца и святого благоверного великого князя Александра Невского построена в 1887 г. в усадьбе Покровское-Засекино на средства помещицы Н. Г. Дебриньи и прихожан. Церковь была украшена куполами, крестами, настенной росписью, с богатой церковной утварью. По данным 1910 г. храм оценён вместе с иконостасом в 6500 рублей.
Здание церкви было кирпичным неоштукатуренным на белокаменном цоколе, выполнено в стиле эклектики с использованием форм и элементов декоративного убранства древнерусской архитектуры. Продольно-осевая композиция храма состояла из двусветного четверика с трёхлопастной апсидой, прямоугольной трапезной и колокольни.
В 1932 г. церковь была закрыта и разграблена.
В 1941 году в храме размещался штаб 5-й армии генерала Лелюшенко Д. Д., а после его ранения, в октябре 1941, генерала Говорова Л. Д. После освобождения всей Московской области, здание храма занимало военно-лечебное заведение, а с 1949 года располагался штаб 79 военно-пожарной школы младших специалистов.
При приспособлении храма под штаб войсковой части здание претерпело большие изменения: утрачены световой барабан с главкой, верхний восьмигранный ярус звона колокольни с шатровым завершением, западная белокаменная лестница; разобраны своды и поддерживающие столбы трапезной. Пространственная структура церкви нарушена междуэтажными перекрытиями и многочисленными перегородками. Трапезная часть храма надстроена вторым этажом.
В 1995 году начинается движение жителей с. Покровское за восстановление церковной общины и возвращение ей храма. Спустя два года, в 1997 году приход был зарегистрирован благочинным архимандритом Нестором (Жиляевым). Временно исполняющим обязанности настоятеля прихода по совместительству был назначен настоятель храма в с. Перхушково священник Вадим Аржаненко. После этого в храме, два раза в месяц начали совершатся молебны и панихиды.
В 2002 году в связи с переводом о. Вадима в другую епархию приход возглавил новый настоятель храма в с. Перхушково священник Андрей Авраменко который окормлял приход до 2003 года. В апреле 2003 года имущество 79-й пожарной школы было вынесено из бывшего алтаря, в алтарной части храма располагался музей школы, и это помещение было обустроено как временное помещение храма до окончания решения вопроса о расформировании пожарной школы. Была создана рабочая группа из пяти курсантов школы которые трудились над восстановлением храма и изготовили иконостас. В рабочую группу входили: Бабин Андрей, Петров Антон, Рачков Георгий, Зубенко Евгений, Ручушкин Павел. 10 мая 2003 года о. Андреем совершено первое крещение, были крещены 20 курсантов школы. 20 декабря 2003 года настоятелем храма был назначен священник Андрей Лейка и с этого времени в храме начались постоянные богослужения и постепенное восстановление храма.
13 мая 2005 года священник Андрей Лейка был переведен в Спасский храм с. Уборы, а новым настоятелем, по совместительству был назначен протоиерей Павел Корташев. В связи с тем что о. Павел нес основное послушание в другом храме ему в помощь был назначен священник Алексей Базыкин. Трудами о. Павла здание храма, по распоряжению Правительства РФ 13 ноября 2009 года, передано безвозмездно в собственность прихода. 26 марта 2010 года протоиерей Павел Карташев освобожден от обязанностей настоятеля Покровского храма и на его место был назначен его помощник священник Алексей Базыкин.
3 октября 2011 года новым настоятелем Покровского храма был назначен священник Виктор Сидоров.
В настоящее время продолжаются работы по восстановлению храма. Над трапезной частью церкви снесён второй этаж. Храм обрёл купол с крестом. В храма положен мраморный пол и установлен новый иконостас.